El sistema de Riego San Rafael está ubicado a tres kilómetros de la localidad de Saipina al final del valle de "Chilón - Saipina"

El objetivo principal del proyecto en esta zona es el de dotar de riego permanente a los terrenos que se presentan a lo largo del margen izquierdo del río Mizque, hasta la población de San Rafael.

Los derechos de agua del río Comarapa y distribución tradicional conjuntamente con la escasez de agua desfavorecieron siempre a esta zona, de manera que su alimentación en la mayoría de los meses se realiza mediante el río Mizque, por tanto es un sistema independiente de la represa.

El proyecto realizó la construcción de una toma sobre el río Mizque, y 485 metros de una sección hidraúlica de 1.20 m de base y altura 0.70 m para la conducción de las aguas. Los primeros 170 m corresponden a un túnel construido en roca firme y los restantes 315 m a una sección embovedada construida en la margen izquierda del río Mizque.